Отзыв о Bioconductor от Brian Whitmore

Мне нравится, что он имеет множество функций для различных типов экспериментов, проводимых в геномных/транскриптомных наборах данных, таких как массивы экспрессии генов или секвенирование следующего поколения (РНК-секвенирование). Он может обрабатывать очень большие матрицы с тысячами и тысячами переменных и сотнями выборок. Вы даже можете загружать чужой код в свою рабочую область, не имея доступа к их исходной структуре папок, настроив собственные пути к файлам среды. Может быть сложно понять, в каком порядке вы должны использовать все библиотеки одновременно. Иногда, если установлено несколько версий, они будут конфликтовать, вызывая ошибки. Если вам нужно что-то конкретное из этого пакета, убедитесь, что кто-то знает, как правильно установить эти файлы! Мы используем базу данных biostars для поиска полезных ссылок, но иногда обнаруживаем, что нам нужны более специализированные инструменты, которые мы не смогли бы получить только путем поиска в базах данных биосетей, поэтому прямой доступ к bioconductor помогает быстрее найти именно то, что мы хотим.